lunes, 8 de marzo de 2010

Un nuevo modelo agiliza el intercambio de datos genéticos - DiarioMedico.com


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ESPAÑA
COMPRIME LA INFORMACIÓN PARA ACORTAR EL TIEMPO DE PROCESAMIENTO
Un nuevo modelo agiliza el intercambio de datos genéticos
Agilizar el procesamiento de los datos de los estudios pangenómicos es necesario para poder trabajar en este campo; es el logro conseguido por un modelo que se describe en un estudio que se publica hoy en Nature Genetics y en el que ha participado José María Ordovás.


Clara Simón Vázquez - Lunes, 8 de Marzo de 2010 - Actualizado a las 00:00h.

Los estudios genéticos representan la nueva frontera del descubrimiento en Biología y Medicina y la implantación de técnicas moleculares cada vez más potentes y complejas está permitiendo revolucionar la investigación médica de hoy y la práctica de la medicina del mañana. Sin embargo, el tratamiento de las cantidades masivas de datos que se manejan en estudios genéticos suponen un tiempo de procesado de ordenador que puede llegar en algunos casos a ser prohibitivo. Un estudio que se publica hoy en Nature Genetic pretende salvar estos problemas técnicos con un nuevo modelo de procesamiento de datos de los estudios pangenómicos. El nuevo método, denominado modelo linear mixto comprimido, reduce el tamaño de la muestra, conservando la eficacia y agrupando a los individuos en grupos específicos.

José María Ordovás, de la Universidad de Tufts, en Boston, ha participado en el trabajo y ha comentado a Diario Médico que el problema es que cada vez las bases de datos se hacen más grandes, no sólo por la inclusión de más sujetos, sino por la capacidad de medir más y más marcadores genéticos. Por lo tanto, "es importante adaptar los métodos de cálculo estadístico a las nuevas necesidades para evitar que se produzca un cuello de botella del progreso científico y médico".

Un análisis normal podría tardar más de 20 años por métodos convencionales, pero con el nuevo se podría reducir a poco más de dos días
Ordovás ha dicho que se puede hacer un paralelismo con el mundo de la imagen digital y de internet, puesto que cada vez conseguimos mayor resolución a base de aumentar el numero de píxeles. Sin embargo, con más píxeles y más fotografías transmitiéndose llegaría un momento en que tendríamos que esperar demasiado para enviar o recibir material gráfico por internet, problema que se ha solucionado aumentando las velocidades de transmisión pero sobre todo utilizando métodos de compresión de la información (como por ejemplo el JPG) que al disminuir el tamaño de la fotografía acelera su transmisión.

En el trabajo de Nature Genetics se ha conseguido una situación similar en el tratamiento de los datos genéticos: comprimir la información para que el tiempo de procesado se recorte en gran medida.

Así, un estudio genético para encontrar marcadores de enfermedad en poco más de mil sujetos y un millón de marcadores genéticos por individuo podría tardar en hacerse más de 20 años con los métodos convencionales pero con este nuevo sistema se podría reducir a poco más de dos días.

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