Curso “Next Generation Sequencing (NGS) data analysis

Curso “Next Generation Sequencing (NGS) data analysis (preprocessing, mapping, assembling etc)”
15 al 22 de Noviembre, Montevideo

El punto focal de UNU-BIOLAC de Montevideo, junto a la Facultad de Ciencias de la Universidad de la República y el Instituto Nacional de Investigación Agropecuaria (INIA) del Uruguay organizan el curso internacional titulado: “Next Generation Sequencing (NGS) data analysis (preprocessing, mapping, assembling etc)”. Este curso tendrá lugar entre el 15 y 22 de Noviembre del 2010 en la ciudad de Montevideo.

El curso, que incluirá aulas teóricas como actividades de trabajo directo en la computadora, tendrá una carga horaria total de 40 horas. Este curso está orientado a estudiantes de posgrado, posdocs e investigadores jóvenes que ya estén trabajando o planeen trabajar en el área de la secuenciación masiva con técnicas NGS. Participantes provenientes del área genómica como bioinformática serán bienvenidos.

Sitio web del curso: http://cursongs.fcien.edu.uy

El curso será dictado en inglés.

Organizadores: UNU-BIOLAC (Punto Focal de Montevideo), Fernando Alvarez-Valin (Facultad de Ciencias, UDELAR), Fabian Capdevielle y Marco Dallarizza (INIA)
Docentes Invitados: Massimo Delledonne, Alberto Ferrarini, Dipartimento di Biotecnologie, Università degli Studi di Verona. (http://ddlab.sci.univr.it/ddl/)

Programa:
Introduction to Next Generation Sequencing technologies and applications
1) NGS technologies available now and in the near future
2) Their major applications: RNA-Seq, whole genome / exome (sequence capture), CHIP-Seq
3) Advantages and disadvantages of NGS compared to other technologies (i.e. microarray)

Genome and transcriptome analysis
4) Data handling: sequence data formats and data preprocessin
5) Short reads and ESTs alignment to a reference genome
6) RNA-Seq data analysis
7) Detection of SNPs and indels

Assembly and annotation of expressed sequence data
8) Genome Browsers and their application to NGS data visualization
9) De novo assembly and reference-assisted assembly
10) Expression sequences annotation
11) Gene Ontology
12) The Short Reads ArchiveInscripción y becas

Las postulaciones deberán incluir:
CV breve (edad, posición, área de investigación, publicaciones)
Carta de referencia del supervisor de tesis o jefe directo

Una carta de motivación. Esta carta deberá explicar como el curso será útil en su trabajo de investigación o en la formación del postulante.

Los costos de inscripción serán completamente exonerados para aquellos estudiantes que sean aceptados en el curso. Existen becas para los participantes externos (de la región) para cubrir los costos de alojamiento y alimentación durante toda la estadía. También se otorgarán ayudas para cubrir los costos de viaje a un número limitado de participantes. Las solicitudes de apoyo económico (tanto de viaje como de estadía) deberán ser enviadas en documentos aparte (también en formato PDF). Estas postulaciones de becas serán evaluadas caso a caso.

Las solicitudes deberán ser enviadas como archivos PDF a: NGSmontevideo@gmail.com, hasta el 15 de Octubre del 2010, o en la pagina web del curso http://cursongs.fcien.edu.uy

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Rib mailing list
Rib@uma.es
http://delfos.sci.uma.es/mailman/listinfo/rib

https://docs.google.com/viewer?a=v&pid=gmail&attid=0.1&thid=12b1b0fc076763a9&mt=application/pdf&url=https://mail.google.com/mail/?ui%3D2%26ik%3D4b7da17a4c%26view%3Datt%26th%3D12b1b0fc076763a9%26attid%3D0.1%26disp%3Dattd%26realattid%3Df_ge5q1w1m0%26zw&sig=AHIEtbS3hlBMA7K22zl0lazQf-8bwRWtZw&pli=1